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El bioreactor de membrana tiene un efecto obvio en el tratamiento de aguas residuales. Los contaminantes en las aguas residuales se biodegradan en primer lugar en el bioreactor, y debido a la diferencia de presión, el agua en la mezcla y algunos solutos moleculares pequeños que son más pequeños que el tamaño del poro de la membrana pasarán a través de la membrana y se convertirán en agua tratada. La membrana puede interceptar microorganismos y una gran cantidad de solutos, por lo que reemplaza el tanque de sedimentación y completa las funciones de tratamiento y separación del agua.